Ish-ministri i Shëndetësisë u prangos me urdhër të Prokurorisë së Posaçme për abuzim me fondet e BE-së gjatë kohës kur drejtonte Agjencinë Shtetërore të Programimit Strategjik dhe Koordinimit të Ndihmës (SASPAC)..
Bashkë me Beqjan, u arrestuan dhe financier i tij, Ermal Kurtulaj dhe shtetasi Alfred Nikolla.
Ilir Beqja po hetohet njëkohësisht dhe për koncesionin e sterilizimit ku ndaj tij është vendosur masa e detyrimit të paraqitjes dhe i është sekuestruar pasaporta.